核數師經常會遇上自我利益威脅（self-interest threat）。除了上一篇文章所指出的股權、商業關係和聘用問題外，還有以下的其他問題及可能的保護措施：
- 禮物（gifts and hospitality）：除非價值很小及不常給，否則不應接受。（這裡的重點是給予禮物的意圖。）
- 貸款（loans and guarantees）：只有當客戶是銀行，才能向其借貸（當然最好還是不要接受），但必須要有第三者評核，或以正常商業條款借貸。
- 過期費用（overdue fees）：當客戶未有有準時交費，如核數師仍然提供服務，便變相成了貸款。這時核數師必須停止服務並向客戶追討費用；如仍然不交錢，核數師便需向管理層討論辭職的可能性。
- 成功酬金（contingent fees）：成功酬金即按照工作的完成度付錢，例如若完成某項工作便會有額外獎金。所有核數工作都不能收取這類型的酬金，但非核數工作便可以，例如幫客人填報稅表，但該金額不能太大，而且非核數工作對財務報告的影響也不能太大。
- 薪酬及評估政策（compensation and evaluation policies）：核數團隊的partner不能向其客人銷售其他非核數工作，例如估值服務。因此，在一般核數裡會有以銷售為主要工作的partner，以為以帶領團隊做核數工作的partner。
- 對費用過分依賴（undue dependence on total fees）：一般來說，核數公司不能過分依賴單一客人的收費，以免損害其獨立性。（對上市公司來說，只要該費用佔所有收費連續兩年超過15%便算過分依賴，他必須向管理層披露，並且需要進行風險評估；非上市公司則沒有那個百分比。）可是，凡事總有例外的──最終也要看看該核數公司是否新成立的，其營運模式和該客人對他的重要性，來決定是否容許過分依賴單一客人的收費，但最好還是擴大顧客群了。
- 低收費（Lowballing）：低收費是容許的，但必須要照樣遵守所有條例進行核數工作，而且要維持一定人手和資源。
- 招聘服務（recruitment）：核數師不能為客人作招聘決定，只能向他們提供意見，或對入圍名單作出評價。
- 收取佣金（receiving or paying referral and commission）：只要有適當的披露及按適當的條款付佣便成。
另一種比較嚴重的威脅便是自我檢查威脅（self-review threat）。假如客人一方的會計師加入成為核數師的一員，便會出現這種威脅，因為客人的財務報表有機會是由那位會計師所編製的。這時要考慮的是那位會計師在客人公司工作時的職位是否會對客人的財務報表有重大影響？最適當的做法便是給那位新加入的核數師兩年的「過冷河」期（cooling-off period），否則可以考慮讓第三者評核他的工作。（例如quality control review）
另外，為了減低核數師面對自我檢查威脅，他們通常不可做一些要作出決定的工作（例如審批交易）、準備會計文件、監管客人的員工等，但當有緊急需要時，才可短時間「借將」給客人，協助他們工作，但要由客人一方監管整個過程。
至於一些非核數的工作，例如估價服務、稅務服務、內審服務、公司融資服務、IT服務和訴訟服務，核數師要有不同的處理方法：
- 估價服務：不能為上市公司提供這種服務；對於私人公司，則要考慮估價的東西是否對財務報表有重大影響，以及當中是否很大程度涉及主觀決定？
- 稅務服務：只能協助填稅表；最好不要幫手計稅（不能為上市公司提供這種服務）或協助規劃稅務；並不能代表客人處理稅務上的紛爭。
- 內審服務：不能為上市公司提供這種服務；對於私人公司，則可安排非核數團隊作出建議，但不能作最終決定。
- 公司融資服務：不能為上市客人作出擔保（即做underwriter），只可安排非核數團隊為客人提供融資建議。
- IT服務：不能為上市公司提供這種服務；對於私人公司，則不能提供會影媎會計系統的IT服務。
- 訴訟服務：不能成為客人的證人，但當接到法庭的命令擔任專家證人則被許可。
